(二)行业问题
1、公路建设行业
中国公路建设行业协会在对公路建设企业营改增情况调研后，反映了以下问题：
公路施工企业现金流支出增加。公路工程施工中，建设单位在每期验工计价时，往往扣除10%-20%质量保证金、暂留金等，这些暂扣款往往要到工程竣工决算后才能给付，但增值税当期必须要缴，导致企业经营性现金流支出增加，加大企业资金紧张局面。
提高了企业税务筹划难度。公路建设行业的施工项目一般在异地，增值税将在工程项目所在地预缴，在机构所在地抵扣。对大型公路施工企业而言，由于工程项目多、分布广，增值税税票收集难，企业面临更为复杂的税务筹划管理。
2、石油行业
中国石油工程建设协会在调研后反映了以下问题：
老项目在2016年5月1日后签订的分包合同，分包商税负征收方式问题。部分税务局认定，虽然总包合同是5月1日以前签订的，是简易征收项目，但分包合同是5月1日后签订的，不能选择简易征收。总包和分包出现不同的征收率，分包单位税负增加。
取票不足，税负增加。石油施工企业人工费约占总成本的30%-40%，抵扣不足;财务费用也拿不到专用抵扣发票;折旧不能取得发票;甲供材料无法取得税率较高的进项抵扣，而石油施工企业甲供材比例非常大，以上种种原因，导致石油施工企业税负增加。
3、煤炭行业
中国煤炭建设协会在调研后反映了以下问题：
营改增减税效应不明显，企业税负不减反增。煤炭建筑施工企业专业性强，目前和今后较长时期将面临施工任务不足的问题，施工企业大量施工设备、周转材料是在营改增之前煤炭行业快速发展时期购置的，现大部分处于闲置状态。这些闲置和正在使用的设备设施周转材料折旧费不能作为抵扣税额基础，导致企业经营成本上升，税负增加，盈利水平下降。
煤炭建设安全生产投入费用高，施工人工和机械化投入大。人工费和机械费在工程造价中占比要比地面工程大。人工费不能抵扣、机械费可抵扣进项税额有限，使用11%计算销项税额，税负压力很大;由于井巷工程施工辅助系统工程费用的特殊性，施工三四期工程，辅助系统利用矿井永久系统，工程结算和扣除利用永久系统费用过程中，由于业主的主动权地位，导致施工企业在支付利用建设单位永久系统费用时很难取得发票，只有销项税额，没有进项税额，没有发票也不能按分包价款进行差额纳税处理，导致施工企业税负增加。
(三)地区问题
1、人工费定额与市场背离导致税负增加。浙江省反映，现行计价依据中人工费与实际施工现场的人工费倒挂，定额人工费明显偏低，市场实际价格远超定额用工。营改增后，导致增值税计取基数偏低，直接造成投标环节中人工部分增值税计取不足，从而间接增加施工企业成本支出。
2、增值税发票认证困难。江苏省反映，由于江苏省建筑业外向型特点，施工项目遍布全国各地，材料采购也相应分散，增值税发票数量大，收集、审核、认证等工作难度大、时间长。很多老项目原则上只要取得普通发票即可，但实际工作中也会取得增值税专用发票，这些发票如果全部认证再转出，工作量很大。如果不认证，直接入账，则会存在滞留票的问题。此外，调研中还发现，施工企业收到的很多材料商开具的发票没有税号，发票备注栏没有进行备注，甚至国税代开点开出货物名称为“货物一批”的发票等情况很多，给施工企业的发票认证、当月作废或隔月红冲、税前列支等都带来了极大的困难。
3、个别地方税局委托业主代征增值税，加重企业税负。据反映，山东、西藏、甘肃等部分税局已提出按照《国家税务总局关于发布<委托代征管理办法>的公告》(国家税务总局公告2013年第24号)等文件要求，继续延用营业税制下的“代扣代缴”模式，对大型项目建筑业增值税实施委托代征。增值税下实施委托代征，在代征时很容易按应支付给总包方的工程款的全额征税，而不是扣减总包方已取得的分包发票后的差额缴纳税款，这样将导致施工企业增值税差额征收的政策难以实现，造成重复征税。
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