跨县建筑服务发票使用规定操作不便。建筑企业对工程项目的内部管理主要采取内部承包方式，即建筑企业将工程项目分包给项目经理，分散在各地的项目部并不是独立经营的主体，建筑企业仍是承担民事法律责任的主体。营业税下，一般由项目部向项目所在地地税机关申请代开发票。营改增试点政策规定，建筑企业跨县（市、区）提供建筑服务，应由企业机构所在地国税机关开出外出经营许可证，到项目所在地国税机关办理报验登记，但增值税发票只能向机构所在地领用和开具（小规模纳税人代开专用发票除外）。与营改增前相比，增值税发票开具方式变化较大，建筑企业难以适应，实际操作中将面临一些突出问题，如建筑行业农民就业比例高，一旦发生未及时开票导致无法结算工程款，或者建筑企业以此为借口不及时发放农民工工资，极易引发群体事件，而建筑工程所在地国税机关虽然处在矛盾焦点之中，却无力解决问题。
规范建筑企业的日常税收管理难度大。会计核算健全，是增值税政策对一般纳税人的基本要求。但受行业经营特点、营业税管理模式等因素影响，营改增后建筑企业税收管理难度大，主要体现在以下方面：一是建筑企业会计核算不规范的现象非常普遍，一些建筑企业基本不建账，对许多建筑企业来说，营改增后规范会计核算可能要从头起步，从零开始。二是国税机关税收监管手段有限。现行试点政策规定，跨县（市、区）提供建筑服务，应向项目所在地国税机关预缴一定比例的税款，但发票只能在机构所在地国税机关领用，会计核算资料自然也集中在建筑企业，对项目所在地国税机关来说，很难实施有效的税收监管。三是建筑行业运行模式转型难度大。建筑行业管理不规范、运作模式不适应增值税的要求，是业内外都认识到的实际问题。但是，商业模式的调整，绝非一朝一夕之事。在此过程中，如何做到既规范执行营改增试点政策规定，又妥善处理开票方式改变、不能及时结算工程款引发的民生（农民工）问题，是基层国税机关面临的巨大挑战。
对增值税税负特点的认识存在误区。营业税的税率即税负率，企业所属的行业（服务）确定了，企业的税负率也就确定了。但增值税不同，企业的税负率由当期销项税额和进项税额两个因素决定。实践中，企业实现的销项税额与取得的进项税额，往往会不同步，这一特点决定了短期内企业的税负率并不客观真实。如果建筑企业前期取得预收款较多，而购买材料、物资等相对滞后，工程建设前期很可能出现税负率偏高的现象。一些建筑企业对增值税税负的特点认识不到位，如税务机关不能及时准确做好宣传解释，容易引发一些本可避免的问题。
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