3.施工用的很多二三类材料（零星材料和初级材料如沙、石等），因供料渠道多为小规模。企业或个体、私营企业及当地老百姓个人，通常只有普通发票甚至只能开具收据，难以取得可抵扣的增值税专用发票。
4.工程成本中的机械使用费和外租机械设备一般都开具普通服务业发票。
5.BT、BOT项目通常需垫付资金，且资金回收期长，其利息费用巨大，也无法取得发票。
6.甲供、甲控材料抵扣存在困难。
7.建筑企业税改前购置的大量原材料、机器设备等，由于都没有实行增值税进项税核算，全部被作为成本或资产原值，无法抵扣相应的进项税，造成严重的虚增增值额，税负增加。
8.建筑企业集团内部资质共享时，如何确定进项、销项税额存在相当大的困难。
9.征地拆迁、青苗补偿费等无法取得增值税专用发票。
10.施工生产用临时房屋、临时建筑物、构筑物等设施不属于增值税抵扣范围。
九、营业收入和利润的影响
1.导致营业收入大幅降低。预计下降9.91%，下降额预计为400亿元。收入规模降低会影响建筑企业在国际国内的各类竞争力排名。按照2012年世界500强排名统计，营改增后**公司排名将由名下降到***名。
2.导致净利润率大幅下降。由于建筑行业本身就是微利行业，目前收入净利润率不到3.65%，按照目前的测算结果，税负上升将会导致公司净利润率严重下滑，甚至可能出现整体性亏损。
十、资产和现金的影响
1.新贩置固定资产价值、外贩原材料等丌含增值税导致资产减小。
2.由于业主计价在先，拨款滞后，同时，验工计价中还要直接扣除制质保金，或预留质保金等。导致先交税，后收款。
十一、对发票管理的影响
增值税专用发票涉及刑事责任
《中华人民共和国刑法》（以下简称《刑法》）第二百零五条、第二百零六条、第二百零七条、第二百零八条分别规定了虚开增值税与用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪；伪造、出售伪造的增值税与用发票罪；非法出售增值税与用发票罪；非法贩买增值税与用发票、贩买伪造的增值税与用发票罪；虚开增值税与用发票罪、出售伪造的增值税与用发票罪、非法出售增值税与用发票罪。
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