(二)母公司中标子公司(孙公司)施工和总公司中标分公司(财务独立核算)施工项目存在的的税收风险
1、母公司中标子公司(孙公司)施工和总公司中标分公司(财务独立核算)施工的项目不可以在工程所在地差额预缴增值税。
国家税务总局公告2016年第17号第四条第(一)项规定：“一般纳税人跨县(市、区)提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。”
同时，《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2017年第11号)第三条规定：”纳税人在同一地级行政区范围内跨县(市、区)提供建筑服务，不适用《纳税人跨县(市、区)提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》(国家税务总局公告2016年第17号)。”
基于以上税收政策规定，总分包企业要差额计征预交增值税的前提条件是，总包方必须到与其不在同一地级行政区域范围跨县(市、区)提供建筑服务。因此，在税收征管实践中，存在以下两种税收风险：
(1)母公司中标的建筑项目，母公司不提供建筑服务，而是将建筑工程全部转包给子公司施工，则母公司在计征增值税和工程所在地预缴增值税时，其销售额不能扣除分包额，必须全额缴纳增值税。
(2)总公司与分公司(财务独立核算)签订转包合同，基于违法转包行为的原因，总公司在计征增值税和工程所在地预缴增值税时，其销售额不能扣除分包额，必须全额缴纳增值税。
2、母公司(或总公司)全额给业主开发票，子公司(或分公司)全额给母公司(或总公司)开发票，是虚开发票行为。
总公司(或母公司)与业主或发包方签订的建筑总承包合同，总公司(或母公司)给业主或发包方开具增值税发票;财务独立核算的分公司(或子公司)分别与供应商、机械设备出租方签订进项类合同，这些成本进项发票开给分公司(或子公司)，但是为了解决增值税销项发票的抬头是分公司(或子公司)的名字以致实现增值税抵扣的链条不断，分公司(或子公司)给总公司(或母公司)全额开具增值税专用发票。这种开票方法，表面上理顺了财务独立核算的分公司(或子公司)实现了增值税抵扣，但是不合法。
总公司(或母公司)根本没有参与施工活动，具体的施工活动全是分公司(或子公司或孙公司)开展的，总公司(或母公司)给发包方开具增值税专用发票或增值税普通发票，显然是在没有真实交易活动下的开票行为，依据《中华人民共和国发票管理办法》和最高人民法院印发《关于适用<全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定>的若干问题的解释》的通知(法发[1996]30号)第一条的规定，总公司(或母公司)构成虚开增值税专用发票罪的行为。
(三)母公司中标子公司(孙公司)施工和总公司中标分公司(财务独立核算)施工项目法律、税收风险管控策略
1、法律依据
《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2017年第11号)第二条规定：“建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人(以下称“第三方”)为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。”
根据此规定，总公司或母公司与业主尽量勾通，只要业主同意以下两个条件：同意与子公司和分公司结算工程款;同意接受子公司和分公司向其开具的增值税发票。建筑行业中存在的总公司中标分公司施工和母公司中标子公司施工的法律税收风险，可以通过“内部授权或者签订三方协议”的方式进行规避。
2、法律税收风险规避的合同签订技巧
根据国家税务总局公告2017年第11号第二条的规定，建筑行业中存在的总公司中标分公司施工和母公司中标子公司施工的法律税收风险规避的合同签订技巧如下：
(1)在招投标环节，总分公司或母公司与发包方或业主进行招投标。如果中标后，则总公司或母公司与发包方或业主签订总承包合同;
(2)总公司、分公司与发包方或业主或母公司、子公司(孙公司)与发包方或业主签订三方协议，协议明确以下三点：
一是总公司授权分公司或者母公司授权子公司(孙公司)为发包方提供建筑服务。或者总公司与分公司，母公司与子公司(孙公司)签订授权协议，授权集团内分公司或子公司(孙公司)为发包方提供建筑服务。
二是分公司或子公司(孙公司)直接与发包方结算工程款。
三是分公司或子公司缴纳增值税并向发包方或业主开具增值税发票。
符合以上合同签订技巧，则与发包方签订建筑合同的总公司或母公司不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的分公司或子公司开具的增值税专用发票抵扣进项税额。
