第三，重视规范签订以房抵款协议
一是要在以房抵款协议中明确用以抵付工程款的具体房屋。明确约定具体的楼盘名称、地址、楼号、房号、面积等内容，最好附图，以免在实际执行中产生争议。
二是要明确抵付工程款的房屋价格和面积计算方式。约定的价格应当在相对合理、公允的前提下要求开发商给予一定比例的优惠，以防将来可能面临的房产贬值的风险。在面积计算方式上则应明确以房屋建筑面积还是以房屋使用面积进行计算,避免出现扯皮。
三是要明确实际拖欠工程款与用以抵付的房屋价款之间差额的处理方式。实践中，实际拖欠的工程款与用以抵付的房屋价款很难完全一致，必然出现一定的差额，因此在以房抵款协议中一定要明确此差额如何处理的方式或原则。
四是要明确房屋的交付期限。以房抵款协议应当对开发商办理预告登记、产权过户、房屋交付等期限进行明确约定，防止开发商久拖不办，或以此为手段进行反悔。如果承包商需要寻找其他购房者与业主签订《商品房买卖合同》的，应当在协议中加以明确。
五是明确以房抵款的涉税处理和发票开具问题。营改增后，房地产企业以房抵工程款视同不动产销售，而建筑施工企业取得房产则属于购买不动产，与建筑施工合同销售建筑服务的内容之间存在明显的差异，可能导致施工企业在增值税抵扣上的不确定性和税负的增加。此外，实际操作中还可能涉及在房产交易、过户登记等过程中产生的交易税费、所得税、增值税承担问题等。因此，在以房抵款协议中必须对可能涉及的税务处理、税负承担和开具何种发票等问题做出详细的约定。
六是明确违约责任、争议解决方式和管辖地等要素。考虑到以房抵债在法律层面尚有许多不确定性，承包商应在协议中加大房产企业的违约成本，防止对方反悔或“一房多卖”等情况，对因开发商原因导致的房产不能过户等情况，应当要求对方承担高昂的违约责任，必要时可以要求其提供其他形式的担保。同时，为防止可能发生的争议，应当在争议解决方式和管辖地等方面做出妥善安排，选择较为良好的司法环境。
第四，重视工程款优先权的有效保留
签订以房抵款协议并不代表工程款已经收回，为防止止房产企业在履行以房抵债协议中随时反悔而导致超过6个月的优先权行使期限，承包商可以在通过在工程竣工后6个月内发函主张工程款优先权等方式，在一定程度上保留优先权，以防在极端情况下债权的安全性。
第五，重视及时办理预告登记和物权转移手续
以房抵款协议本身并不产生房屋所有权转移的效力，基于代物清偿的要物性，对尚未实际履行的以物抵债协议法院不予以确认其效力。因此，在签订以房抵款协议并同时签订房屋买卖合同后，首先应及时办理房产预告登记，锁定物权，并保持该预告登记始终处于有效状态。
根据《物权法》及其司法解释的规定，当事人签订买卖房屋或者其他不动产物权的协议，为保障将来实现物权，按照约定可以向登记机构申请预告登记。预告登记后，未经预告登记的权利人同意，处分该不动产的，不发生物权效力。其次，一旦具备房产所有权过户条件的，应当及时办理产权过户手续，真正成为房产的“主人”。
